Sim, você precisa realizar as contribuições de ambos os regimes, pois mesmo que ocorra o desconto do INSS por meio do emprego de carteira assinada, é preciso também realizar o recolhimento por meio da Guia do MEI.
Como são atividades distintas existe essa possibilidade, pois o INSS obriga que o recolhimento ocorra tanto na CLT, quanto na MEI.
No caso do MEI ele só possui o direito a aposentadoria por idade, entretanto o recolhimento realizado através de sua carteira assinada te permite escolher a categoria que mais se enquadra nos seus requisitos.
Leia sobre direitos previdenciários do MEI
No cenário atual, ou seja, após a reforma é possível escolher qual a categoria de aposentadoria lhe seja mais vantajosa, juntando os dois regimes CLT e MEI.
Como é a contribuição
Se o MEI contribui com 5% + 15% de alíquota, logo ele terá direito a mais aposentadorias, ou seja, a lista abaixo:
- Aposentadoria por Idade;
- Aposentadoria por Tempo de Contribuição (se completou os requisitos antes da Reforma);
- Aposentadoria por Pontos;
- Todas as Regras de Transição.